空白にしたいデータには、<null>と入力して上書きします。

例えば、自由項目1に「aaa」と入力されている個人マスタ情報に、自由項目1が空白のCSVファイルを上書きしても、「aaa」のまま変わりません。

aaaを削除したい場合は、自由項目1に<null>（<>を含む、半角小文字）と入力したcsvファイルをインポートします。

 aaa に bbb と上書き → bbb
 aaa に 空白 で上書き → aaa
 aaa に <null> と上書き → 空白

項目の中身ではなく、個人マスタを１件まるごと削除したい場合は、個人マスタ情報画面で「削除」ボタンをクリックして削除してください。
全部の項目に<null>を入れて上書きしても、個人IDが残りますので件数は変わりません。